En 2007, le jeune acteur eut l'honneur de succéder au mythique Jack Nicholson dans le rôle du Joker. En effet, le réalisateur Christopher Nolan le choisit pour jouer ce rôle dans le sixième opus des aventures de Batman : The Dark Knight, Le Chevalier Noir.

Prise de panique, la masseuse de Heath appela rapidement le 911. Quand les secours arrivèrent, Heath n'était pas encore mort, mais il était en train de faire un arrêt cardiaque. Les massages cardiaques qui lui furent administrés furent vains. L'acteur succomba peu après l'arrivée des secours. L'autopsie du jeune homme révéla que celui-ci avait succombé à une overdose. Il avait en effet ingurgité six sortes de médicaments différents, parmi lesquels des antidépresseurs, des analgésiques et des anxiolytiques.

Heath Ledger fut inhumé au cimetière de Karrakatta en Australie. Il laissa derrière lui une petite fille de deux ans, Matilda Rose, qu'il avait eue avec son ancienne petite amie, l'actrice Michelle Williams (qu'il avait rencontrée sur le tournage du Secret De Brokeback Mountain, où il jouait justement le rôle de son époux).

Trois jours plus tard, Mary-Kate confia dans un communiqué de presse que cette mort était tragique à ses yeux : "Heath était un ami. Sa mort est une perte tragique. Mes pensées sont avec sa famille en ces moments difficiles."

Très vite, les enquêteurs portèrent leur attention sur Mary-Kate. En effet, l'appartement de Soho dans lequel était décédé l'acteur appartenait justement à l'actrice, et selon certains proches, les deux jeunes gens entretenaient une relation amoureuse depuis octobre 2007. L'un des gardes du corps de Mary-Kate confirma lui aussi cette rumeur. Ainsi, cette dernière fut donc appelée à témoigner pour aider les enquêteurs dans leurs recherches, mais à la surprise générale, elle refusa catégoriquement de parler. Ceci dit, de nouveaux éléments vinrent bientôt renforcer les soupçons à son sujet.

Très vite, cette nouvelle information fit scandale : Au sein des autorités fédérales tout comme dans les médias et dans la population, des interrogations virent le jour : Pourquoi la masseuse de Heath avait-elle appelé Mary-Kate plutôt que les urgences? Et pourquoi cette dernière avait-elle décidé d'envoyer ses gardes du corps auprès de Heath? Ainsi, le 23 avril, le Drug Enforcement Administration (ou DEA, spécialisé dans les enquêtes en rapport avec la drogue) obtint une assignation afin que Mary-Kate comparaisse en justice pour répondre à ses questions. Ceci dit, la jeune actrice refusait toujours de parler de cette affaire. Et comme le DEA la pressait de plus belle, elle décida finalement de recourir au cinquième amendement de la constitution américaine : Elle demanda l'immunité des juges. Elle refusa de répondre à quoi que ce soit tant qu'on ne lui promettait pas qu'aucune poursuite ne serait engagée. Ainsi, avec cette immunité, rien de ce qu'elle dirait ne pourrait être retenu contre elle. Cela dit, bien que cela soit possible outre-atlantique selon le cinquième amendement de la constitution, cette décision déchaîna une véritable vague médiatique : Partout on se demanda pourquoi la jeune actrice avait demandé l'immunité. Avait-elle des choses graves à avouer pour ainsi s'assurer qu'aucune poursuite ne serait engagée? Était-ce elle qui avait aidé Heath à se procurer les analgésiques? Le DEA menaça alors la jeune fille de demander une citation à comparaître devant un grand jury pour l'obliger à témoigner malgré ses réticences et sa demande d'immunité, mais Mary-Kate ne se laissa pas impressionner et ne changea pas de position.

La presse, de son côté, ne fut pas délicate avec elle. Elle l'accusa notamment d'avoir joué un plus grand rôle qu'on ne le croyait dans la disparition de son ami. D'ailleurs, Mary-Kate reçut même plusieurs milliers de lettres de menaces de mort, écrites par les fans de Heath Ledger qui avaient été abasourdis par la disparition de leur idole.

Mais heureusement pour Mary-Kate, tout ce cauchemar prit bientôt fin.

Cela dit, cette affaire qui fut un véritable choc pour Mary-Kate - qui en plus d'avoir perdu un proche a dû faire face aux pires accusations - a visiblement eu un poids psychologique important sur la jeune fille, qui à plusieurs reprises depuis la mort de son ami a eu un comportement inquiétant.

Heureusement, cela finit par s'arranger avec le temps. Dès la rentrée, Mary-Kate mit un frein à ses sorties effrénées et afficha une mine plus radieuse qu'auparavant. Ceci dit, elle n'a pas réussi à rester jusqu'à la fin de la diffusion du film Batman - The Dark Knight où elle s'est rendue le 22 juillet dernier en compagnie de quelques amis. Trop émue de voir son ami se mouvoir à l'écran et ne supportant plus les commentaires méprisants des spectateurs qui la regardaient en chuchotant, la jeune fille a quitté la salle vingt minutes seulement après le début du film. Elle n'oubliera sans nul doute jamais la mort de cet acteur dont elle était proche et la méchanceté des gens qui s'en sont pris à elle.